כבר בשנים הראשונות, לאחר שניטעו הפרדסים על מדרונו הגלבוע, התגלתה בעיה מוזרה של ניקוז. בקו גובה מסוים בערך ב 75 - היה פיגור ברור בגידול העצים, היו מופיעים מים על פני הקרקע והייתה המלחה של קרקע ברצועה רחבה. לאחר שפנו למומחים לניקוז ולקרן הקיימת הוחלט לעשות ניקוז תת קרקעי באמצעות צינורות חרס שהונחו בקו ניצב לרצועה האטומה כאשר הצינורות אינם מחוברים ביניהם, ומי הניקוז עברו את הקטע האטום. המימון היה ע"י הקק"ל שראתה אז שמתפקידה לטייב את האדמות שהחכירה. העבודה בחפירה והנחת הצינורות בשטח הייתה קשה ונעשתה, כמובן בידיים. ביצעו אותה חברי תל עמל הצעירים שהיו אז (בשנת 1936 ) בהכשרה בבית אלפא, לפני עלייתם לשיך אברק, להקים את החומה והמגדל. במפת רוטנברג מ- 1921, יש סימון של דרך בדיוק במקום שהופיעו בעיות הניקוז, ויתכן שגם כאן הייתה תעלה קדומה שנרמה לאיטום הקרקע בעומק ולגרום לחוסר חדירות של הקרקע.