השם עין חרוד מופיע בספר שופטים בתנ"ך, בסיפור על גדעון ועל 300 גיבוריו שניצחו בגבורה את המדיינים. במפות העתיקות נקרא המעיין "עין ג'לוד". ספיקת המעין היום אינה גדולה (מדידת מים נקראת "ספיקה" במידות של מטרים מעוקבים לשעה), ומימיו טובים. המים זרמו בערוץ המרכזי של העמק שנקרא בפי הערבים נחל ג'לוד המתנקז לירדן ולים המלח. בתקופת תחילת ההתיישבות בעמק, היו במקום כמה בקתות וקיבוץ עין חרוד התיישב שם במחנה הראשון שלו. הוקם שם בית החולים הראשון ששימש את כל העמק, כולל נהלל וכפר יהושוע ועד שנת 1930 היו בני בית אלפא נולדים בו, עד שהוקם בית החולים בעפולה. לדוגמה: דוד שוהם ז"ל נולד במעיין חרוד ואילו עמוס, תמר, שאוליק והלל היו בין הראשונים שכבר נולדו בעפולה. יהושוע חנקין שקנה את אדמות העמק בשם הקק"ל ביקש להיקבר במקום ובית הקבר שלו עומד עד היום. מי הנחל הוטו ע"י הבדואים לשטחי העמק שמנעו את ניקוז האדמות, על מנת ליצור מרעה לעדרי הצאן שלהם בתקופת הקיץ היבשה. וכך היה העמק כולו שטחי ביצות וצמחיה פראית. עבודתם הראשונה של אנשי הקיבוצים הייתה לנקז את הביצות לערוץ הנחל ע"י תעלות שנחפרו בידיים. ובשלב השני נחפרו תעלות לצורך השקיה במי הנחל לטובת משקי עין חרוד תל יוסף וגבע. כיום המקום הוכרז "גן לאומי" ומימיו מנוצלים להשקיה ע"י אגודת המים השיתופית בגלבוע.